Současně s obnovou byla v přízemí a na galerii synagogy instalována stálá expozice, věnovaná vzniku a vývoji synagogální architektury a dokumentaci nejvýznamnějších synagog v českých zemích od středověku po 20. století. V 17. a 18. století se v architektuře synagog nejvýrazněji uplatnil barokní sloh. Mnohé tehdejší synagogy dostaly cennou barokní malířskou výzdobu s bohatými rostlinnými
motivy a texty hebrejských modliteb. Po zrovnoprávnění po roce 1848 byly budovány velké synagogy v různých historických slozích, často na hlavních třídách velkých měst. Právě tyto okázalé stavby se staly první obětí nacistického teroru. Během druhé světové války bylo nacisty vypáleno a zbořeno nebo bylo v závěrečných bojích zničeno na 70 synagog. Dalších 105 synagog bylo zbořeno během čtyřicetiletí komunistického režimu. Do dnešních dnů se v České republice dochovalo na 200 synagogálních staveb, většina z nich byla ovšem adaptována k bydlení nebo zcela přestavěna pro jiné účely, některé využívají jako modlitebny evangelické církve. K bohoslužbám židovských komunit slouží pouze sedm synagog (v Praze, Brně, Plzni a Liberci). Židovský hřbitov Židovský hřbitov v Nové Cerekvi byl založen před rokem 1676 nedaleko od synagogy a židovské čtvrti. Roku 1866 byl rozšířen o nový pozemek s novogotickou obřadní síní a vstupem ze silnice. Oba hřbitovy sloužily i pro židovskou obec v Pelhřimově a další obce v okolí. Z významných osobností je na nové části židovského hřbitova pohřben pelhřimovský rabín Karel Freud (1858–1936) nebo zde nalezneme moderní sloupový náhrobek od architekta Bedřicha Feuersteina nad urnovým hrobem zdejšího rodáka, významného moderního malíře Alfreda Justitze (1879–1934)