Náboženská obec v Nové Cerekvi se ustavila kolem roku 1690, kdy je doložena také modlitebna. V roce 1723 bylo v Nové Cerekvi usazeno 6 židovských rodin. Jejich počet začal stoupat v první polovině 19. století: v roce 1840 tu žilo již 21 rodin a roku 1849 dokonce 30 rodin (160 osob, asi 13 procent všech obyvatel). Tento počet se udržel až do konce osmdesátých let 19. století. Vedle synagogy zde stával rabínský dům, rituální lázeň, židovská škola a až do roku 1903 židovský špitál. V roce 1840 bylo v městečku 14 židovských domů. Skupina přízemních domků při severní straně Rubešovy ulice je zčásti dochována v původní podobě a spolu se synagogou tvoří malebný urbanistický celek, dokládající život zdejší židovské obce. Působil zde spolek Chevra kadiša, Spolek pro ochranu sirotků a Pěvecký spolek Sion, zajišťující chrámový zpěv při bohoslužbách. V roce 1895 žilo v Nové Cerekvi 109 Židů, do roku 1900 jejich počet klesl na 63 osob a v roce 1930 na 20 osob. Roku 1893 byla zdejší židovská obec připojena k pelhřimovské židovské obci a změněna na modlitební spolek. Za německé okupace bylo z Nové Cerekve přes Pelhřimov na základě rasových zákonů deportováno celkem 19 židovských občanů, kteří všichni zahynuli v nacistických vyhlazovacích táborech.